GMT簡易安裝筆記

GMT(Generic Mapping Tools)是一套open source的軟體，用來繪製精細的、各式各樣的地理圖形或是xy,xyz軸的分佈圖；我想地球科學領域的同好幾乎都用過他。兩位主要的作者Paul Wessel和 Walter H. F. Smith是超強的unix/C/地震學家，在筆者的心目中，那簡直就是神的境界！！！

儘管不是用java寫成的，但是作者還是非常貼心的提供各種平台的版本(Unix, Linux, Mac, OS/2以及Windows)供大家安裝。安裝的方法大致上有兩種：到GMT網頁上去下載安裝，或是利用Linux內建的套件管理程式安裝。本文主要針對Linux以及MacOS上安裝GMT所做的筆記。

一、至GMT首頁下載安裝

點選頁面上GMT的圖示連到首頁，並且點左側DOWNLOAD連結。我們用Automated install的安裝方式，首先請確定是否可以解bzip2：

which bzip2

如果有顯示，就表示可以繼續下一步；沒顯示的話，運氣不好，自己想想辦法吧＠_＠|||
其次，請確定你能夠正常的使用bash。不過bash是linux的default shell，debian的dash也是可以的。
第三，假設你要把GMT安裝到/opt/gmt裡，請確定你有/opt/gmt的讀寫權限。如果沒有也沒關係，用root去安裝他即可。
第四，請確定你的系統裡有gcc跟make：
For Debian users:

aptitude install gcc make

For OpenSuSE users:

zypper in gcc make

For Fedora/CentOS users:

yum install gcc make

For MacOSX users:
請放入Application的光碟片，把xcodes安裝起來，這樣就會有gcc跟make了。
最後，下載安裝的script檔，並且把他變成可執行：

wget -c ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt/install_gmt chmod +x install_gmt

接著，請連結到INSTALL_FORM填寫一些表格。

A. Basic requirement:

1. Select default units in GMT:
   我們習慣公制單位，因此選擇SI units (cm)。
2. Select default PostScript output format for GMT:
   PS比EPS具有更多的頁面列印的彈性設定，因此我們放心的選擇PS。
3. Select POSIX Advisory File Locking:
   選擇"YES. Use file locking"。
   我們如果想要把gmt的指令當成管線再傳給下一個gmt指令，最好將.gmtcommands這個檔案鎖定寫入。在舊的solaris(< 5.7)或是linux核心<2.4的機器上，存取NFS檔案時會有問題。不過我們的機器都遠比這來得新，所以不必考慮這個問題。

B. NetCDF Setup

1. Select the appropriate netCDF library option:
   如果你不知道或不確定你有沒有netcdf的話，點選"Please get and install the latest netCDF 3.6.x"即可。

C. GMT Setup

1. Select the FTP site nearest you:
   選擇Japan或是Australia都可以。(真希望以後有台灣的mirror，而且是在地球所裡面！)
2. Select passive [Default] or active ftp transmission:
   你可能要了一下你的網路架構。通常主機架在防火牆內部，你必須要選擇passive的方式。如果不是，選擇active。
3. Select the components you want (bzip2 sizes indicated):
   反正硬碟都夠大，全勾選吧！
4. Select which triangulation algorithm to use:
   選擇Watson's algorithm。原因是Watson的演算法是GNU的，但是Shewchuk's algorithm卻不是GNU的。雖然不能如此自由的使用，但他還是免費的，如果你有需要，是需要自己編譯的。
5. Select library build type:
   static跟shared的差別是，gmt要不要跟其他應用程式共用函式庫。如果共用的話，可以節省空間，不過可能會被愚蠢的系統管理員搞砸而無法正常使用；static是自己擁有自己的函式庫；缺點是佔用更多的硬碟空間，優點是不會被愚蠢的管理員惡搞而無法使用。
   要選擇哪一個都無所謂，自己決定吧！
6. Select the C compiler you want to use:
   選擇gcc吧！除非你還有裝其他的C compiler!
7. Select the make program you want to use:
   選擇make吧！除非你還有其他make工具。
8. Select GMT final destination directories:
   除非你想要自訂每個目錄的位置，否則放置subdir的地方預設就會是你執行install_gmt的目錄。假設你想要在/opt/gmt裡執行install_gmt，那麼第一行就填入"/opt/gmt"吧！sundir就可以不用管他了。
9. Select alternative GMT_SHAREDIR directory：
   shared directory會放置一些比較大型的檔案，除非你有硬碟空間上的考量，否則可以略過他！
10. Alternative coastline directories：
    同樣的，如果你有硬碟空間上的考量，否則可以略過他！
11. Select supplemental packages to install：
    您可以全部勾選！！
12. Additional information for MEX (Matlab or Octave):
    octave是一套linux下的matlab的替代方案，他比起matlab僅稍稍遜色一些，不過由於沒有圖形介面且參考資料較少，其實懂得使用octave的人少之又少；
    假設您沒有在GMT下呼叫matlab或是octave的函數的需求，此處留空白或是填入位置都是沒有效果的。
13. Complete the operation:
    恭喜你，填完表格了！你可以選擇裝完成後刪除所有下載下來的檔案，也可以執行測試的script看看gmt有沒有安裝成功！

點選"GET PARAMETERS"，就可以得到我們剛剛所有選項的設定檔的頁面；請把他另存成一個檔案，假設叫做param.list；也假設你要安裝gmt的位置在/opt/GMT：

cd /opt/GMT
./install_gmt param.list

就讓這個script幫我把netcdf以及gmt自動安裝完成！結束之後，您應該會看到有一個類似這樣提示設定：For sh or bash users: export NETCDFHOME=/opt/netcdf-3.6.3 export PATH=/opt/GMT/bin:$PATH export GMT_SHAREDIR=/etc/GMT export MANPATH=/opt/GMT/man:$MANPATH
這樣，就輕鬆完成自訂安裝囉！

二、使用linux的套件管理程式安裝

使用各家linux所提供的套件管理程式來安裝GMT是最快樂不過的事情了！因為他又快又簡單！
For Debian/Ubuntu users:

aptitude install gmt gmt-examples gmt-tutorial-pdf gmt-tutorial gmt-doc-pdf gmt-doc-ps

不過，debian裡竟然沒有自動幫我們把GMT的環境變數給設定上去！我們只好手動設定！

GMTHOME="/usr/lib/gmt"
export PATH=$PATH:$GMTHOME/bin

往後，我們可以到/usr/share/doc/gmt/html/index.html來翻閱手冊以及文件。
For Fedora/CentOS users:

yum install gmt gmt-examples

For OpenSuSE users:
請加入science repos:
[science] name=Software for Scientists and Engineers (openSUSE_11.1) type=rpm-md baseurl=http://download.opensuse.org/repositories/science/openSUSE_11.1/ gpgcheck=1 gpgkey=http://download.opensuse.org/repositories/science/openSUSE_11.1/repodata/repomd.xml.key enabled=1

zypper install gmt gmt-examples

For MaxOS users:
如果你沒有fink或是沒有聽過fink，請到這裡選擇你的cpu架構並安裝他(假設你已經知道如何安裝fink了！)。安裝完畢後請更新fink套件管理的cache：

fink scanpackages && fink index
apt-get install gmt gmt-shlibs gmt-docs

你沒看錯，fink就是看上linux裡最強的套件管理系統：apt-get，所以他的操作模式就跟debian使用的經驗幾乎相同；透過他你也可以在mac輕易的安裝許多gnu的程式！

三、下載高解析度海岸線檔

如果你用的是第一個方法，也就是到GMT官方網站去安裝GMT的話，你應該就有高解析度的海岸線檔案了。請檢查/usr/share/gmt/coast(放置海岸線檔案的資料料夾)，看看這些cdf檔是否有binned_border_h.cdf、binned_GSHHS_h.cdf、binned_river_h.cdf這幾個高解析度的檔案。如果沒有的話，我們就只好手動來新增：

wget -c ftp://ftp.iris.washington.edu/pub/gmt/GSHHS2.0.1_full.tar.bz2
wget -c ftp://ftp.iris.washington.edu/pub/gmt/GSHHS2.0.1_high.tar.bz2
tar jxvf GSHHS2.0.1_full.tar.bz2 -C /tmp
rsync -av /tmp/share/coast/ $GMTHOME/share/coast/
rm -r /tmp/share
tar jxvf GSHHS2.0.1_high.tar.bz2 -C /tmp
rsync -av /tmp/share/coast/ $GMTHOME/share/coast/
rm -r /tmp/share

這樣無論是用哪一種方法安裝GMT，都可以畫出美麗的圖啦！剩下就憑自己的功力囉！

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